Terminem nietolerancja pokarmowa określa się obecnie szereg niepożądanych reakcji na pokarm, w tym reakcji alergicznych, które z definicji związane są z systemem odpornościowym, niekorzystnymi reakcjami będącymi wynikiem niedoboru enzymów, reakcjami farmakologicznymi oraz innymi trudnymi do zdefiniowania reakcjami, które dają nieswoiste objawy, często kilkanaście do kilkudziesięciu godzin po kontakcie z substancją alergizującą. Nietolerancje pokarmowe mogą wywoływać przejściowe reakcje, np. nasilające się jedynie okresowo, przewlekłe objawy niepożądane o trudnym do ustalenia podłożu i trudne w leczeniu lub też ustępujące po zastosowaniu odpowiedniej diety. Czasami tego typu opóźnione reakcje na składniki diety określa się jako opóźniona nadwrażliwość pokarmowa (DTH – Delayed Type Hypersensitivity).

Nie oznacza to, że osoba, u której stwierdzono tego typu nadwrażliwość jest chora na jakąś konkretną chorobę. Aby to stwierdzić należy przeprowadzić szereg innych badań. W zasadzie u każdej osoby stwierdza się występowanie tego typu reakcji o różnym zakresie i nasileniu, co może być przyczyną istniejących obecnie dolegliwości lub symptomem problemów, które mogą pojawić się w przyszłości.